Sweave - Historial de revisió

Acrida: Revertides les edicions de 91.201.66.91 (discussió). S'ha recuperat la darrera versió de l'usuari 83.43.49.230

2010-11-05T07:59:51Z

Revertides les edicions de 91.201.66.91 (discussió). S'ha recuperat la darrera versió de l'usuari 83.43.49.230

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91.201.66.91: sex

2010-11-05T02:54:41Z

sex

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83.43.49.230: /* Requerimientos */

2007-08-24T19:39:49Z

Requerimientos

← Versió més antiga		Revisió del 19:39, 24 ago 2007
Línia 8:		Línia 8:
	* Tener instalado y funcionando el sistema [[R]].		* Tener instalado y funcionando el sistema [[R]].
	* Una distribución [[Latex\|LaTeX]] instalada y funcionando ([http://www.tug.org/teTeX/ teTex] con texinfo y tetex-extra en GNU/Linux o [http://www.miktex.org/ MiKTeX] en M$). Lógicamente no es necesario si se desea la integración en HTML y no en [[Latex\|LaTeX]].		* Una distribución [[Latex\|LaTeX]] instalada y funcionando ([http://www.tug.org/teTeX/ teTex] con texinfo y tetex-extra en GNU/Linux o [http://www.miktex.org/ MiKTeX] en M$). Lógicamente no es necesario si se desea la integración en HTML y no en [[Latex\|LaTeX]].
	* Un editor de sintaxis, preferentemente [[Emacs]] con auctex y noweb, aunque bajo M$ se puede usar también [http://www.winedt.com/ WinEdt].		* Un editor de sintaxis, preferentemente [[Emacs]] con auctex y noweb, aunque bajo M$ se puede usar también [http://www.winedt.com/ WinEdt] o [https://sourceforge.net/projects/tinn-r Tinn-r] que és lliure que et coloreja la sintaxi de R, [[Latex\|LaTeX]] i Sweave.
	* Si se trabaja en [[Emacs]], es aconsejable tener instalado el módulo Noweb que permite el coloreado de la sintaxis de Sweave (''chunks''), e identifica si se trata de un fragmento de texto o de código de [[R]]. Ningún otro editor permite esta función.		* Si se trabaja en [[Emacs]], es aconsejable tener instalado el módulo Noweb que permite el coloreado de la sintaxis de Sweave (''chunks''), e identifica si se trata de un fragmento de texto o de código de [[R]]. Ningún otro editor permite esta función.

83.247.136.48: /* Automatización del proceso con Emacs bajo GNU/Linux */

2007-06-15T06:28:31Z

Automatización del proceso con Emacs bajo GNU/Linux

← Versió més antiga		Revisió del 06:28, 15 juny 2007
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	Este procedimiento va a generar dos archivos con el documento final, un '''.pdf''' y otro '''.ps'''. El [[Media:Makefile \| fichero Makefile]] descargado es fácilmente costumizable para que cree sólamente uno de los dos ficheros resultado.		Este procedimiento va a generar dos archivos con el documento final, un '''.pdf''' y otro '''.ps'''. El [[Media:Makefile \| fichero Makefile]] descargado es fácilmente costumizable para que cree sólamente uno de los dos ficheros resultado.

	Se ~~acpnseja~~ visualizar ambos tipos de archivos con el programa [http://www.gnu.org/software/gv/ Gnome Ghost Viewer] (es el visualizador por defecto de ficheros '''.ps'''), que actualiza directamente la vista de los archivos cuando estos cambian (es decir cada vez que se produce una nueva compilación) sin necesidad de tener que cerrar y volver a abrir el programa. Para que esto suceda, hay que marcar la opción ''Mira un fitxer'' en las preferencias del programa.		Se aconseja visualizar ambos tipos de archivos con el programa [http://www.gnu.org/software/gv/ Gnome Ghost Viewer] (es el visualizador por defecto de ficheros '''.ps'''), que actualiza directamente la vista de los archivos cuando estos cambian (es decir cada vez que se produce una nueva compilación) sin necesidad de tener que cerrar y volver a abrir el programa. Para que esto suceda, hay que marcar la opción ''Mira un fitxer'' en las preferencias del programa.

	Todo lo anterior tiene la ventaja de permitir compilar archivos Sweave con una sola orden, lo que facilita la realización de compilaciones sucesivas para ir comprobando cómo está quedando nuestro documento, y detectar de forma temprana los errores en el código de [[R]].		Todo lo anterior tiene la ventaja de permitir compilar archivos Sweave con una sola orden, lo que facilita la realización de compilaciones sucesivas para ir comprobando cómo está quedando nuestro documento, y detectar de forma temprana los errores en el código de [[R]].

83.247.136.48: /* Sintaxis básica */

2007-06-15T06:27:30Z

Sintaxis básica

← Versió més antiga		Revisió del 06:27, 15 juny 2007
Línia 95:		Línia 95:
	Las reglas basicas se resumen en:		Las reglas basicas se resumen en:
	* Los identificadores de cada tipo de ''chunk'' son: '''<<argumentos=>>=''' para código [[R]] y '''@''' para código [[Latex\|LaTeX]] o HTML.		* Los identificadores de cada tipo de ''chunk'' son: '''<<argumentos=>>=''' para código [[R]] y '''@''' para código [[Latex\|LaTeX]] o HTML.
	* Para incluir órdenes de [[R]] en un ''chunk'' de texto se utiliza '''\Sexpr{}''' (sólo para [[Latex\|LaTeX]]		* Para incluir órdenes de [[R]] en un ''chunk'' de texto se utiliza '''\Sexpr{}''' (sólo para [[Latex\|LaTeX]])

62.57.42.243: /* Requerimientos */

2007-06-13T17:42:48Z

Requerimientos

← Versió més antiga		Revisió del 17:42, 13 juny 2007
Línia 7:		Línia 7:

	* Tener instalado y funcionando el sistema [[R]].		* Tener instalado y funcionando el sistema [[R]].
	* Una distribución [[Latex\|LaTeX]] instalada y funcionando ([http://www.tug.org/teTeX/ teTex] en GNU/Linux o [http://www.miktex.org/ MiKTeX] en M$). Lógicamente no es necesario si se desea la integración en HTML y no en [[Latex\|LaTeX]].		* Una distribución [[Latex\|LaTeX]] instalada y funcionando ([http://www.tug.org/teTeX/ teTex] con texinfo y tetex-extra en GNU/Linux o [http://www.miktex.org/ MiKTeX] en M$). Lógicamente no es necesario si se desea la integración en HTML y no en [[Latex\|LaTeX]].
	* Un editor de sintaxis, preferentemente [[Emacs]] aunque bajo M$ se puede usar también [http://www.winedt.com/ WinEdt].		* Un editor de sintaxis, preferentemente [[Emacs]] con auctex y noweb, aunque bajo M$ se puede usar también [http://www.winedt.com/ WinEdt].
	* Si se trabaja en [[Emacs]], es aconsejable tener instalado el módulo Noweb que permite el coloreado de la sintaxis de Sweave (''chunks''), e identifica si se trata de un fragmento de texto o de código de [[R]]. Ningún otro editor permite esta función.		* Si se trabaja en [[Emacs]], es aconsejable tener instalado el módulo Noweb que permite el coloreado de la sintaxis de Sweave (''chunks''), e identifica si se trata de un fragmento de texto o de código de [[R]]. Ningún otro editor permite esta función.

Acrida: /* Automatización del proceso con Emacs bajo GNU/Linux */

2005-11-04T17:51:15Z

Automatización del proceso con Emacs bajo GNU/Linux

Acrida a 09:34, 12 juny 2005

2005-06-12T09:34:05Z

← Versió més antiga		Revisió del 09:34, 12 juny 2005
Línia 1:		Línia 1:
	[[Categoria:Software]]		[[Categoria:Software]]
	Sweave es una función de [[R]] que se inscribe en lo que se ha venido a denominar [http://www.bepress.com/cgi/viewcontent.cgi?article=1017&context=uwbiostat Literate Statistics]. El objetivo es tener entremezclado en un único fichero de sintaxis tanto el texto (en formato '''[[Latex\|LaTeX]] '''o '''HTML''') y el código estadístico de [[R]]. Cuando se procesa el código, el ''output'' mezcla automáticamente el texto con las tablas y otros objetos de [[R]], lo que facilita enormemente algunas tareas como la generación periódica de informes o de textos cuando se cambian, aunque sea mínimamente, los datos de origen.		Sweave es una función de [[R]] que se inscribe en lo que se ha venido a denominar [http://www.bepress.com/cgi/viewcontent.cgi?article=1017&context=uwbiostat Literate Statistics]. El objetivo es tener entremezclado en un único fichero de sintaxis tanto el texto (en formato '''[[Latex\|LaTeX]] '''o '''HTML''') y el código estadístico de [[R]]. Cuando se procesa el código, el ''output'' mezcla automáticamente el texto con las tablas y otros objetos de [[R]], lo que facilita enormemente algunas tareas como la generación periódica de informes o de textos cuando se cambian, aunque sea mínimamente, los datos de origen.

			Si quieres, puedes consultar también [[Trabajar\|nuestra guía]] sobre como poner en funcionamiento un completo sistema de trabajo para la investigación en medicina.

	== Requerimientos ==		== Requerimientos ==

Booster: /* Enlaces de interés */

2005-06-07T21:39:16Z

Enlaces de interés

← Versió més antiga		Revisió del 21:39, 7 juny 2005
Línia 306:		Línia 306:
	[http://www.ci.tuwien.ac.at/~leisch/Sweave/Sweave-Rnews-2002-3.pdf Rnews: Sweave Parte I]		[http://www.ci.tuwien.ac.at/~leisch/Sweave/Sweave-Rnews-2002-3.pdf Rnews: Sweave Parte I]

	[http://www.ci.tuwien.ac.at/~leisch/Sweave/ Otros enlaces y ejemplos interesantes]~~</nowiki>~~		[http://www.ci.tuwien.ac.at/~leisch/Sweave/ Otros enlaces y ejemplos interesantes]

Acrida: /* Paso 1 */

2005-06-07T20:44:08Z

Paso 1

← Versió més antiga		Revisió del 20:44, 7 juny 2005
Línia 251:		Línia 251:

	Con el código anterior obtenemos directamente un fichero '''.html''' ya completo y visualizable con cualquier navegador.		Con el código anterior obtenemos directamente un fichero '''.html''' ya completo y visualizable con cualquier navegador.

			En ambos casos, si no se especifica la ruta completa sinó sólo el nombre del archivo '''.Rnw''', [[R]] lo buscará en el ''working directory'' actual.

	=== Paso 2 ===		=== Paso 2 ===

← Versió més antiga		Revisió del 17:51, 4 nov 2005
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	Antes de poder procesar automáticamente documentos de Sweave con código [[Latex\|LaTeX]] hay que realizar el siguiente procedimiento, que deberá llevarse a cabo sólo '''una vez''' en cada ordenador y que permitirá ejecutar la función Sweave() de [[R]] sin necesidad de ejecutar manualmente el programa:		Antes de poder procesar automáticamente documentos de Sweave con código [[Latex\|LaTeX]] hay que realizar el siguiente procedimiento, que deberá llevarse a cabo sólo '''una vez''' en cada ordenador y que permitirá ejecutar la función Sweave() de [[R]] sin necesidad de ejecutar manualmente el programa:

	* Descargar este [~~http~~:~~//acrida.2mydns.com/wikitraba/arxius/~~Sweave.sh '''shell script'''], copiarlo a la ubicación ''/usr/local/bin/'' y desde una ventana de terminal ejecutar:		* Descargar este [[Media:Sweave.sh \| '''shell script''']], copiarlo a la ubicación ''/usr/local/bin/'' y desde una ventana de terminal ejecutar:

	sudo chmod +x /usr/local/bin/Sweave.sh		sudo chmod +x /usr/local/bin/Sweave.sh

	Una vez hecho esto, ya estamos en disposición de compilar documentos Sweave con código [[Latex\|LaTeX]] en un solo paso. Para ello, debemos descargar este [~~http~~:~~//acrida.2mydns.com/wikitraba/arxius/~~Makefile '''archivo Makefile'''] (haciendo click con el botón derecho y pulsando ''Guardar enlace como'') y editarlo para sustituir la expresión:		Una vez hecho esto, ya estamos en disposición de compilar documentos Sweave con código [[Latex\|LaTeX]] en un solo paso. Para ello, debemos descargar este [[Media:Makefile \| '''archivo Makefile''']] (haciendo click con el botón derecho y pulsando ''Guardar enlace como'') y editarlo para sustituir la expresión:

	nombrearchivo		nombrearchivo
Línia 280:		Línia 280:
	presente en las dos primeras líneas, por el nombre de nuestro fichero Sweave '''sin''' la extensión '''.Rnw'''.		presente en las dos primeras líneas, por el nombre de nuestro fichero Sweave '''sin''' la extensión '''.Rnw'''.

	El fichero [~~http~~:~~//acrida.2mydns.com/wikitraba/arxius/~~Makefile Makefile] debe situarse en el mismo directorio donde tengamos el archivo '''.Rnw'''.		El fichero [[Media:Makefile \| Makefile]] debe situarse en el mismo directorio donde tengamos el archivo '''.Rnw'''.

	Así, para cada proyecto Sweave que tengamos, deberemos tener un directorio independiente con dos archivos: '''fichero.Rnw''' y un [~~http~~:~~//acrida.2mydns.com/wikitraba/arxius/~~Makefile Makefile] que en las dos primeras líneas contenga el nombre del archivo '''.Rnw''' (sin la extensión).		Así, para cada proyecto Sweave que tengamos, deberemos tener un directorio independiente con dos archivos: '''fichero.Rnw''' y un [[Media:Makefile \| Makefile]] que en las dos primeras líneas contenga el nombre del archivo '''.Rnw''' (sin la extensión).

	Una vez hecho esto, debemos editar el archivo '''.Rnw''' en [[Emacs]], grabarlo y pulsar:		Una vez hecho esto, debemos editar el archivo '''.Rnw''' en [[Emacs]], grabarlo y pulsar:
Línia 290:		Línia 290:
	make -k {Ret}		make -k {Ret}

	Este procedimiento va a generar dos archivos con el documento final, un '''.pdf''' y otro '''.ps'''. El [~~http~~:~~//acrida.2mydns.com/wikitraba/arxius/~~Makefile fichero Makefile] descargado es fácilmente costumizable para que cree sólamente uno de los dos ficheros resultado.		Este procedimiento va a generar dos archivos con el documento final, un '''.pdf''' y otro '''.ps'''. El [[Media:Makefile \| fichero Makefile]] descargado es fácilmente costumizable para que cree sólamente uno de los dos ficheros resultado.

	Se acpnseja visualizar ambos tipos de archivos con el programa [http://www.gnu.org/software/gv/ Gnome Ghost Viewer] (es el visualizador por defecto de ficheros '''.ps'''), que actualiza directamente la vista de los archivos cuando estos cambian (es decir cada vez que se produce una nueva compilación) sin necesidad de tener que cerrar y volver a abrir el programa. Para que esto suceda, hay que marcar la opción ''Mira un fitxer'' en las preferencias del programa.		Se acpnseja visualizar ambos tipos de archivos con el programa [http://www.gnu.org/software/gv/ Gnome Ghost Viewer] (es el visualizador por defecto de ficheros '''.ps'''), que actualiza directamente la vista de los archivos cuando estos cambian (es decir cada vez que se produce una nueva compilación) sin necesidad de tener que cerrar y volver a abrir el programa. Para que esto suceda, hay que marcar la opción ''Mira un fitxer'' en las preferencias del programa.