Buròcrates, Administradors (Semantic MediaWiki), Curadors (Semantic MediaWiki), Editors (Semantic MediaWiki), Administradors
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[[Categoria:Software]] | [[Categoria:Software]] | ||
'''Este artículo es demasiado largo. Si alguien se anima, debería | '''Este artículo es demasiado largo. Si alguien se anima, debería segmentarse ([[Islàndia|ejemplo]]) y además usar la [[WikiTraba:Ajuda#Introducir_programas_de_R|integración]] entre [[R]] y [[MediaWiki]]'''. | ||
R es un software de análisis estadístico de código abierto basado en el lenguaje S, desarrollado a principio de los años 90. El programa [http://www.insightful.com/products/splus/default.asp $-Plus] utiliza el mismo lenguaje S, pero se trata de un software propietario y con un precio prohibitivo para la mayoría de los mortales. | R es un software de análisis estadístico de código abierto basado en el lenguaje S, desarrollado a principio de los años 90. El programa [http://www.insightful.com/products/splus/default.asp $-Plus] utiliza el mismo lenguaje S, pero se trata de un software propietario y con un precio prohibitivo para la mayoría de los mortales. | ||
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== Instalación y ejecución == | |||
=== Sistemas M$ === | |||
Los binarios para la instalación en sistemas M$ se pueden descargar desde [http://cran.cict.fr/bin/windows/base/release.htm aquí]. Para entrar al programa hay que ejecutar el acceso directo a Rgui.exe situado en el menú inicio. | |||
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Debido al [[R#El_sistema_de_librer.C3.ADas sistema de librerías|sistema de librerías]] que usa R, los cambios de versión pueden parecer complicados. Lo más sencillo es desinstalar la versión antigua, instalar la nueva y volver a bajar todas las librerías que se tuvieran instaladas. Sin embargo, también es posible conservar las carpetas correspondientes a las librerías que se quieran guardar, que se encuentran en la ruta: | |||
c:/.../rw.../library | |||
Hay que copiar dichas carpetas y pegarlas en el directorio donde instalemos la nueva versión. | |||
http:// | === Sistemas GNU/Linux === | ||
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http:// | En [[Ubuntu]] la instalación se realiza mediante la aplicación Synaptic, buscando la librería r-base y aceptando la instalación de todas las librerías propuestas por el programa para resolver las dependencias. El programa se ejecuta desde una ventana Terminal tecleando simplemente | ||
http:// | >R | ||
http:// | ''Nota: ">" es el simbolo del sistema. asi que no hay que teclearlo'' | ||
Si no se dispone de Synaptic o se quiere tener siempre la última versión del programa sin esperar a que aparezca en los repositorios, hay que bajar la versión correspondiente a nuestra distribución desde el [http://cran.r-project.org CRAN]. | |||
La actualización a nuevas versiones puede realizarse igualmente desde Synaptic o desde el [http://cran.r-project.org CRAN] sin mayores problemas. | |||
== Lenguaje encarado a objetos == | |||
Los lenguajes estadísticos clásicos ([http://www.sas.com SAS], [http://www.stata.com Stata], [http://www.spss.com SPSS]) parten de unos datos a los que se aplican distintos procedimientos para obtener unos resultados. | |||
R no actua de la misma forma. En R existen los denominados '''objetos''', sobre los que se aplican '''funciones''' para transformarlos en otros objetos, sobre quienes, a su vez, pueden aplicarse nuevas funciones para obtener nuevos objetos y asi sucesivamente. | |||
http:// | Una función es cualquier código de R al que se le pasan uno o más argumentos para transformar uno o más objetos. | ||
http:// | Por lo tanto en R no existen propiamente datos y resultados, sino distintos tipos de objetos y una colección de operadores y funciones para modificarlos. | ||
http:// | Una de las cosas que más cuestan de entender al principio es que R trabaja en ''columnas'' y no en ''filas'' como hacen los sistemas tradicionales. Para R cada ''columna'' o ''variable'' de una base de datos es un objeto, y en cambio las ''filas'' o ''casos'' no. | ||
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Los nombres de los objetos pueden contener mayúsculas, minúsculos, números y puntos. La única restricción es que deben empezar por una letra. | |||
Si a un objeto no se le asigna ningún nombre, simplemente será impreso en pantalla y se perderá. Es muy interesante, pues, guardar con un nombre todos los objetos creados (u obtenidos como resultado de la aplicación de funciones sobre otros objetos) para poder usarlos así en cálculos posteriores, lo cual constituye la principal ventaja del lenguaje S sobre otros lenguajes estadísticos | |||
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== Convenciones básicas de la sintaxis == | |||
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R es de hecho un lenguaje de programación llamado S, y como tal no trabaja a través de menús como los sistemas estadísticos clásicos. Ello hace que sea fundamental el conocimiento de las reglas básicas de su sintaxis para poder usar luego correctamente las distintas funciones: | |||
* Las mayúsculas y minúsculas representan distintos caracteres. | |||
* Los espacios no representan nada y R los ignora. | |||
* Los ''missings'' se representan por las siglas '''NA''' si los datos son numéricos, o por un espacio blanco si se trata de caracteres. | |||
* El valor '''null''' indica que un objeto no contiene datos. | |||
* El signo '''#''' provoca que la linea no se evalue, y por lo tanto permite realizar comentarios. | |||
* Los decimales deben indicarse con el signo '''.''' . | |||
* Los parentesis '''( )''' sirven para especificar los argumentos de las funciones. | |||
http:// | * Los diferentes argumentos de una función deben separarse con ''',''' . | ||
http:// | * Cuando un argumento de una función es una fórmula, se especifica con '''vardep~verindep1+varindep2...''' . | ||
http:// | * Los corchetes '''[ ]''' sirven para especificar una posición dentro de un objeto. | ||
* Los claudators '''{}''' se utilizan para abrir y cerrar procesos condicionales (if, for...), utilizados especialmente en la construcción de nuevas funciones. | |||
* Todas las funciones son anidables, de tal forma que un argumento de una función puede ser a su vez una función. | |||
* El signo '''$''' se usa para referirse a una parte concreta y diferenciada de un objeto. Las distintas partes de un objeto pueden conocerse con la función ''names(nombreobjeto)''. | |||
* Para asignar un nombre a un objeto se utiliza la combinación '''<-'''. '''Esta instrucción es fundamental'''. | |||
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== El sistema de librerías == | |||
Una librería o paquete es un conjunto de funciones sobre una temática común. El sistema R-base trae las librerías diseñadas por el núcleo central de desarrolladores ([[core]]). Sin embargo, el modelo descentralizado de producción de R conlleva que muchas funciones interesantes no se instalen con el paquete básico sino que estén contenidas en paquetes o librerías externas que hay que instalar por separado. Aunque son descarganles desde muchos sitios de internet, se recomienda su descarga desde el repositorio [http://cran.r-project.org/ Comprehensive R Archive Network (CRAN)] porque se garantiza que su funcionamiento ha sido revisado y aprobado por el núcleo de desarrolladores. | |||
Existen en R cuatro tipos de librerías: | |||
# las que se instalan con el sistema R-base y se cargan por defecto al inicio ''(no requieren pasos adicionales para ser utilizadas)'' | |||
# las que se instalan con el sistema R-base y no se cargan por defecto al inicio ''(requieren ser cargadas para ser utilizadas)'': | |||
# las que no se instalan con el sistema R-base y hay que bajar del [http://cran.r-project.org/ CRAN] ''(requieren instalación desde CRAN y luego carga)'' | |||
# las que no se instalan con el sistema R-base y no están disponible en el CRAN ''(disponibles en ficheros .zip que se encuentran habitualmente en páginas personales de internet, desde donde hay que descargarlas, instalarlas y luego cargarlas)'' | |||
''Nota: La nomenclatura utilizada para los tipos de librerias es propia y no estándar.'' | |||
=== Instalación de librerias adicionales en sistemas M$ ''(tipos 3 y 4)'' === | |||
Desde el programa (Rgui) existe un menú para instalar paquetes directamente desde el [http://cran.r-project.org repositorio CRAN] (tipo 3) sin tenerlos que descargar previamente de forma manual. | |||
Desde el menú también se pueden instalar paquetes a partir de ficheros .zip bajados manualmente. Suele tratarse de paquetes tipo 4, aunque también se puede descargar librerías tipo 3 de forma manual desde el [http://cran.r-project.org CRAN] y luego instalarlos como ficheros .zip. | |||
Para actualizar todos los paquetes instalados (excepto el paquete básico), hay que usar la función correspondiente del menú (''update packages''). | |||
=== Instalación de librerias adicionales en sistemas GNU/Linux. ''(tipos 3 y 4)''=== | |||
Al igual que el sistema base, algunos paquetes adicionales (tipo 3) de R pueden instalarse desde Synaptic en [[Ubuntu]] buscando la palabra CRAN. | |||
Los paquetes se guardarán automáticamente en la ubicación: | |||
/usr/lib/R/site-library/''nombrepaquete'' | |||
y estarán disponibles immediatamente para ser cargados cuando se desee. | |||
Sin embargo, no todos los paquetes adicionales disponibles en el [http://cran.r-project.org CRAN] (tipo 3) se pueden descargar desde Synaptic, y hay muchas distribuciones GNU/Linux distintas de [[Ubuntu]]. En estos casos, si conocemos el nombre de la librería hay que teclear desde R (ejecutado en un ''Root terminal''): | |||
install.packages("nombrepaquete") | |||
Con este procedimiento los nuevos paquetes se ubicarán en: | |||
/usr/local/lib/R/site-library | |||
Otra forma de proceder con análogos resultados es buscar directamente por [[Firefox|navegador]] en el [http://cran.r-project.org CRAN] la librería que nos interesa, decargarla en formato .zip y luego desde R (en un ''Root terminal'') escribir: | |||
install.packages("rutacompleta/nombrearchivo.zip",CRAN=NULL) | |||
Los paquetes de tipo 4 descargados en formato .zip se instalan también con la instrucción anterior en R bajo un ''Root terminal'': | |||
install.packages("rutacompleta/nombrearchivo.zip",CRAN=NULL) | |||
Una forma alternativa de instalar los paquetes .zip sin necesidad de introducir órdenes de R es descomprimir todo su contenido en: | |||
/usr/lib/R/site-library/''nombrepaquete'' | |||
o en: | |||
/usr/lib/R/library/''nombrepaquete'' | |||
o en: | |||
/usr/local/lib/R/site-library/''nombrepaquete'' | |||
Para actualizar todos los paquetes instalados (excepto el paquete básico), hay que teclear en R en un ''Root terminal'': | |||
update.packages() | |||
=== Cargado de librerías === | |||
Cuando se inicia R, sólo las funciones contenidas en determinadas librerías del núcleo básico están disponibles para ser utilizadas ''(tipo 1)'' . Incluso algunas librerías del núcleo básico no están cargadas al iniciar para ahorrar recursos ''(tipo 2)''. Para cargar una librería ''(tipos 2, 3 y 4)'', hay que utilizar la función library(). Por ejemplo para cargar la librería 'survival' (para el análisis de supervivencia), que se instala con el paquete básico pero no se carga al inicio, habría que escribir: | |||
library(survival) | |||
Si no la descargamos antes, una librería permanecerá cargada hasta que salgamos del programa, así que sólo hay que cargarla una vez por sesión. | |||
Para descargarla: | |||
detach(package:nombrelibreria) | |||
=== Algunas librerías útiles === | |||
Las siguientes librerias <nowiki>*</nowiki>''(tipo 2)'' y <nowiki>**</nowiki>''(tipo 3)'' no se cargan directamente al iniciar [[R]], y contienen funciones que pueden resultar interesantes: | |||
*foreign*: Permite importar bases de datos en otros formatos ([http://www.spss.com SPSS], [http://www.sas.com SAS], Excel, [http://www.stata.com Stata] etc...). | |||
*survival*: Funciones de análisis de supervivencia. | |||
*car**: Recodificación de variables. | |||
*xtable**: Permite exportar tablas a formato [[Latex| LaTeX]]. | |||
=== El paquete Traba (tipo 4) === | |||
En el [http://www.traba.org/trabachat/ Trabachat] se han desarrollado un conjunto de funciones agrupadas en el [[Media:traba_1.4-1.zip | paquete Traba]]. El link anterior permite su descarga en formato .zip para poderlo instalar. | |||
Se puede descargar también el [[Media:source.rar | código fuente]] para ver o modificar la sintaxis de las distintas funciones que contiene. | |||
== Editores de sintaxis == | == Editores de sintaxis == | ||
| Línia 827: | Línia 802: | ||
dev.off() | dev.off() | ||
[[ | [[Image:sexe.jpg]] | ||
* Ejemplo 2: Curva epidémica (histograma) de una toxinfección alimentaria: | * Ejemplo 2: Curva epidémica (histograma) de una toxinfección alimentaria: | ||
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[[ | [[Image:corba.jpg]] | ||
== Programación de funciones == | == Programación de funciones == | ||